中国医院和论文工厂间的勾结
近日我阅读到一些文献，对中国的医院和论文工厂间赤裸裸的勾当感到忧虑，中国科研会何去何从？即使在提出高质量论文发展战略后，不收敛不收手，严重阻碍国内科研发展，特别对埋头苦干年轻人不公平。这些医生继续购买论文或编造数据发表论文对当前国内科研生态的影响也是触目惊心。本文只是从一部分生物信息论文（骨肉瘤）入手分析，实际上论文工厂对各种肿瘤都有涉及，数量之大、涉及单位之广大、科研影响之深尚需曝光，得以发现、重视并解决、必需在国家层面严惩，以儆效尤。其中有些已经被基金委通报，但仍然有人铤而走险，不收手。
很多生物信息学的论文不需要做湿实验就可以发表论文，然而造假不只是Western条带或者免疫组化的图片可以用，生物信息学照样可以玩得炉火纯青。就一个数据集、一个肿瘤就可以被论文工厂利用N次，而得到不同的结果和结论。以下是来自部分骨肉瘤文章的证据：
- Immune-related prognosis biomarkers associated with osteosarcoma microenvironment. Cancer Cell International volume 20, Article number: 83 (2020) 全文链接 https://cancerci.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12935-020-1165-7 2. The tumor immune microenvironment and immune-related signature predict the chemotherapy response in patients with osteosarcoma. BMC Cancer volume 21, Article number: 581 (2021) 全文链接 https://bmccancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12885-021-08328-z 3. Identification and Development of a Novel 4-Gene Immune-Related Signature to Predict Osteosarcoma Prognosis. Front. Mol. Biosci., 23 December 2020 全文链接https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2020.608368/full 4. Identification and Verification of Immune-Related Gene Prognostic Signature Based on ssGSEA for Osteosarcoma. Front. Oncol., 15 December 2020 全文链接https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fonc.2020.607622/full 5. Profiles of immune cell infiltration and immune-related genes in the tumor microenvironment of osteosarcoma. Aging (Albany NY) . 2020 Feb 9;12(4):3486-3501. 全文链接https://www.aging-us.com/article/102824/text 6. Development of an immune-related prognostic index associated with osteosarcoma. Bioengineered Volume 12, 2021 - Issue 1 全文链接https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/21655979.2020.1864096 7. Identification of prognostic biomarkers associated with metastasis and immune infiltration in osteosarcoma. Oncology Letters. March-2021 Volume 21 Issue 3 全文链接https://www.spandidos-publications.com/10.3892/ol.2021.12441 8. The Value of Immune-Related Genes Signature in Osteosarcoma Based on Weighted Gene Co-expression Network Analysis. Journal of Immunology Research Volume 2021 |Article ID 9989321 全文链接https://www.hindawi.com/journals/jir/2021/9989321/ 9. Development of a novel immune-related genes prognostic signature for osteosarcoma. Scientific Reports volume 10, Article number: 18402 (2020) 全文链接 https://www.nature.com/articles/s41598-020-75573-w
本来学术造假是很隐秘的事，结果这骨肉瘤的雷同论文最近发生了井喷，短时间内发表了一系列的雷同论文，思路简单粗暴低级，对同一个数据集使用相同或类似的生物信息学工具不断重新分析，硬生生拼凑各种华丽图片。雷同在于思路，方法，图片编排方式，而且文章还不严谨，充斥各种错误。特别是aging这个垃圾杂志，影响因子高，版面费还贵，寻找的审稿人都不专业，还发表很多和自己主题不相关的文章，这和被sci剔除的oncotarget类似，广开财路的一种手段。这些文章大多发表在OA期刊，想必有审稿人配合。一方面，医生有国家课题经费报销，不用自己掏一分钱。另一方面，杂志发表周期快2个月左右就能接受，所以也就成了论文工厂的目标杂志。
玩法介绍：上面这9篇只是骨肉瘤的一部分文章，没搜全，太多了，没法人工一一比对。题目都类似不是signature就是Immune-related、prognostic biomarkers、tumor microenvironment。实际上它们鉴定出来的signature基本没有重叠，这还能称signature吗？这些结果真要用到病人身上，那是要命的呀，不是造假这么简单，其心可诛。
如论文1摘要中提到GSE39058作为mRNA数据的验证集，而实际上它是miRNA的数据，根本就不能用在这个场合。Fig1A和论文2的Fig2C是相同的数据和分析，但得到结果的图形和P值不同。此外2篇论文的Fig2C、d存在雷同。相同数据，论文1差异基因为134+3=137个，论文2差异基因242个。
(XYS20210613)